این روش برای اولین بار در سال ۱۹۸۹ توسط تانکسلی و همکاران ارائه شد. برای انجام واکنش PCR، از دستورالعمل و مواد زیر استفاده می­ شود. تمامی مواد مورد استفاده برای PCR، به­جز DNA و آب مقطر دوبار تقطیر شده، به صورت تیوب­های آماده تجاری و محلول بودند که از شرکت سیناژن تهیه شدند.

. غلظت بهینه مواد بکار رفته در واکنش زنجیره ای پلیمراز در حجم ۲۵ میکرولیتر شامل یک و نیم میکرولیتر از کلرید منیزیم ۵۰میلی مولار ، ۵/۲ میکرولیتر بافر ۱۰x، ۱ میکرولیتر از پرایمر (۱۰ پیکومول) ، ۱/۰ میکرولیتر از dNTP (10 میلی مولار)، ۲/۰ میکرولیتر آنزیم Taq DNA polymerase، ۱ میکرولیتر از DNA نمونه های بیماران و گروه کنترل می باشد.
۳-۷-۱ طراحی پرایمرها اختصاصی برای تعیین SNP
پرایمرهای مورد نظر جهت تکثیر قطعاتDNA طراحی و از کمپانی BioNeer کشور کره‌جنوبی خریداری شد. توالی پرایمرهای طراحی شده برای قطعات مورد نظر در جدول ۲-۳ آمده است.
جدول ۲-۳ توالی پرایمرهای مستقیم و معکوس

۳-۷-۲ dNTPs
dNTP ها از شرکت سیناژن تهیه شدند که حاوی ۵۰۰ میکرولیتر از محلول ترکیب شده نوکلئوتیدهای dGTP و dTTP و dATP و dCTP با غلظت ۱۰ میلی­مول بودند. نگهداری آنها در فریزر ۲۰- صورت گرفت
۳-۷-۳ کلرید منیزیم(MgCl₂)
محلول کلرید منیزیم از شرکت سیناژن تهیه شد. این محلول با غلظت ۵۰ میلی­مول و بدون رقیق کردن مورد استفاده قرار گرفت. به ازای هر نمونه در واکنش ۲۰ میکرولیتری، ۵/۱ میکرولیتر از این محلول استفاده شد.
۳-۷-۴ بافر واکنش PCR
بافر واکنش از شرکت سیناژن تهیه شد. بافر واکنش حاوی ۵۰۰ میلی­مول کلرید پتاسیم و ۲۰۰ میلی­مول تریس- اسید کلریدریک با pH=8 بود. غلظت این محلول به صورت ۱۰X می­باشد و بدون رقیق کردن در واکنش PCR استفاده می­ شود. بافر واکنش نیز در فریزر ۲۰- نگهداری شده و قبل از استفاده ذوب شده و پس از استفاده دوباره به فریزر ۲۰- منتقل می­ شود. به ازای هر نمونه در واکنش ۲۰ میکرولیتری، ۵/۲ میکرولیتر از این محلول استفاده شد.
۳-۷-۵ آنزیم Taq Polymerase
این آنزیم بطور مستقیم در واکنش PCR مورد استفاده قرار می­گیرد. نگهداری این آنزیم در فریزر ۲۰- درجه سانتیگراد است و برای استفاده بایستی بر روی یخ قرار گیرد. به ازای هر نمونه در واکنش ۲۰ میکرولیتری ۲/۰ میکرولیتر استفاده می­ شود.
۳-۷-۶ آب دوبار تقطیر شده استریل
از آب مقطرهای درون شیشه­های آمپول که به صورت استریل و دوبار تقطیر شده عرضه می­گردد، استفاده می­ شود.
۳-۸ راه اندازی واکنش PCR

1. 1. مخلوط فوق را در میکروتیوب­های ۲۰۰ میکرولیتری که از قبل نامگذاری و شماره گذاری شده ­اند، ریخته ­شود. به این صورت که در هر تیوب ۲۴ میکرولیتر از مخلوط واکنش ریخته و سپس بر اساس نامگذاری تیوب­ها به هرکدام ۱ میکرولیتر از DNA موردنظر اضافه ­گردد.

1. در مرحله آخر و بعد از بستن درپوش میکروتیوب­ها آنها را تکان داده تا هوای اضافی خارج شود و سپس درون خانه­های دستگاه PCR چیده و سپس دستگاه طبق برنامه­ای که به آن داده می­ شود، روشن ­شود.