هر چند این اصل بر نظارت مجلس بر دستگاه های اجرایی آن زمان دلالت نداشت و گرچه تفکر حاکم بر آن به جهت آماده نبودن اجتماع و نو بودن اندیشه مجال بروز نیافت، اما درج کلمات آن در متن قانون اساسی مشروطه زمینه ساز بازآفرینی این اندیشه ، دیگر بار به گونه ای جدی تر و پرفروغ تر در قالب اصل نود قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران شد. و اصل نودم قانون اساسی اولیه جمهوری اسلامی ایران که در حقیقت صورت اصلاح شده اصل هفتاد و سه پیش نویس قانون اساسی بود. در روز ۸ مهر ماه سال ۱۳۵۸ در مجلس خبرگان قانون اساسی به تصویب رسید. با شروع به کار اولین دور مجلس شورای اسلامی از روز ۷ خردادماه سال ۱۳۵۹ و تدوین آیین نامه داخلی مجلس به منظور اجرای اصل نودم قانون اساسی تشکیل می‌گردد. تا طبق قوانین مصوب مربوط به خود اداره ، و انجام وظیفه نماید.

منظور از قوانین مصوب در آیین نامه داخلی ، قوانینی است که نمایندگان مجلس برای تعیین چارچوب وظایف و روانتر کردن انجام وظیفه کمیسیون اصل نود وضع کرده‌اند. از جمله این قوانین ، «قانون اجازه مکاتبه و تحقیق مستقیم به کمیسیون اصل نود با دستگاه های دولتی جهت رسیدگی به شکایات مردم » است. بر اساس این قانون که در اول بهمن ماه ۱۳۵۹ به تصویب رسید. کمیسیون اصل نود می‌تواند با قوای سه گانه جمهوری اسلامی و تمام وزارت خانه ها و ادارات و سازمان های وابسته به آن ها و بنیادها و نهادهای انقلابی و موسساتی که به نحوی از انحا به یکی از قوای فوق الذکر مربوط می‌باشند مستقیما مکاتبه یا به آن ها مراجعه نماید و برای رسیدگی به شکایات کتبی که از طرف مسئولین مربوطه بدون جواب مانده و یا جواب قانع کننده به آن ها داده نشده و رفع مشکلات توضیح بخواهد و آن ها مکلفند در اسرع وقت جواب کافی بدهند.

در روز ۵ اردیبهشت ماه ۱۳۶۴ نمایندگان دور دوم مجلس ، تبصره ای ‌به این قانون اضافه کردند. بر اساس این تبصره مسئولان و مأموران مذکور در ماده واحده مصوبه یکم بهمن ماه ۱۳۵۹ مجلس شورای اسلامی مکلفند پاسخ کافی و مستند خود را حداکثر ظرف مدت یک ماه از تاریخ وصول کتبا به کمیسیون اصل نود اعلام دارند.

تخلف از این قانون جرم محسوب و متخلف به مجازات حبس از سه ماه تا یک سال و انفصال از خدمات دولتی از ۶ ماه تا یک سال محکوم خواهد شد. و موضوع تخلف در مراجع صالحه قضایی با درخواست کمیسیون قابل رسیدگی است و مراجع مذکور موظفند به اینگونه جرایم به صورت فوق العاده و خارج از نوبت رسیدگی و بلافاصله پس از ثبوت جرم و صدور حکم اعمال مجازات نموده و مراتب را به کمیسیون مذبور اعلام دارند.

همان گونه که در مباحث آتی اشاره خواهد شد، در دومین سال فعالیت مجلس دوم ، قانون «نحوه اجرای اصل نود قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران» در روز بیست و پنجم آبان ماه سال ۱۳۶۵ به تصویب نمایندگان رسید. در این قانون که می توان آن را مهمترین قانون در رابطه با فعالیت کمیسیون اصل نود دانست، تشکیلات ساختاری و دامنه اختیارات و مسئولیت های این کمیسیون مشخص شده است. در فصل اول این قانون که ماده یک آن را در بر دارد تشکیلات کمیسیون اصل نود دارای دو واحد «دفتر» و «رسیدگی به شکایات» است. اعضای واحد رسیدگی به شکایات کلا از نمایندگان خواهند بود و طبق آیین نامه داخلی انجام وظیفه می‌کنند. و کارکنان واحد دفتر از طرف هیئت رئیسه مجلس معین می‌شوند و حدود وظایف و اختیارات آنان به وسیله هیئت رئیسه کمیسیون تعیین می‌شوند و زیر نظر کمیسیون انجام وظیفه می نمایند. نمایندگان در همین دوره مجلس در جلسه علنی روز سوم آذر ماه سال ۱۳۶۶ با تصویب قانونی با عنوان «قانون نحوه گزارش کمیسیون اصل نود قانون اساسی» مقرر کردند: «گزارش های کمیسیون اصل نود پس از ارائه به هیئت رئیسه بدون رعایت نوبت در دستور کار مجلس قرار می‌گیرد و در اولین جلسه علنی قرائت می‌گردد.»

در نهایت اصل نودم قانون اساسی با تدوین آیین نامه داخلی کمیسیون اصل نود وارد فاز اجرایی می شود. این آیین نامه در ابتدای هر دوره در کمیسیون تدوین به تصویب اعضای کمیسیون می‌رسند و پس از تصویب ، برگزاری جلسات بر اساس آن صورت می‌گیرد.

«در دوره اول دو سال اول و دوم ، محمد صادق حائری شیرازی و در دو سال سوم و چهارم نیط سید محمد خوئینی ها به عنوان رؤسای کمیسیون اصل نود حضور داشتند. در دور دوم مرتضی فهیم کرمانی ، به عنوان رئیس کمیسیون اصل نود بوده و در دور سوم سال اول سید حسین موسوی تبریزی و در سه سال بعد فخرالدین موسوی رؤسای این کمیسیون بودند. در دور چهارم محمد علی شرعی رئیس کمیسیون اصل نود بوده و در دور پنجم در سال‌های اول و چهارم هاشم هاشم زاده هریسی و در سال‌های دوم و سوم محمدرضا فاکر رؤسای کمیسیون اصل نود بودند. در دور ششم حسین انصاری راد و در دور هفتم و دو سال اول دور هشتم محمدرضا فاکر ریاست کمیسیون اصل نود را برعهده داشتند. و در دور نهم محمد علی پورمختار ریاست کمیسیون اصل نود را به عهده داشته است. »^[۴۴]

اصل نود قانون اساسی از پتانسیل بسیار بالایی در تحقق حق دادخواهی مردم و ایجاد یک جمهوری پارلمانی دارد. گرچه ظاهراً اصل نود از ماهیت غیر قضایی نظارت مجلس حکایت دارد، اما خبرهایی اخیراًً از مجلس به گوش می‌رسد که به نظر می‌رسد راه تبدیل کمیسیون اصل نود به یک دیوان شبه قضایی شبیه به دیوان محاسبات وجود دارد. دیوان یک مرجع قضایی یا شبه قضایی است و رسیدگی های آن باید بر اساس استانداردهای دادرسی منصفانه باشد.

ماهیت و ساز و کار رسیدگی در دیوان مظالمی که بر اساس اصل نود تشکیل می شود ، می‌تواند توأما قضایی ، سیاسی ، یا شبه قضایی باشد. ممکن است هدف از تهیه این طرح تقویت ابعاد نظارتی پارلمان باشد. گرچه با هدف نهادسازی های جدید هم ممکن است مشکل نظارتی کشور حل نشود. زیرا هم اکنون نیز انواع سازوکارهای نظارتی در اختیار مجلس است اما استفاده بهینه از آن نمی شود. صرف نظر از اغراض سیاسی پیشنهاد رئیس کمیسیون اصل نود و نمایندگان مجلس ، مبنی بر تبدیل کمیسیون به دیوان به نظر می‌آید طرح ایجاد آمبودزمانی ایرانی در دست تهیه دارند، مدافعان و همچنین مخالفان جدی را در پی داشته است. به نظر می‌آید مهمترین نکته که در بازسازی کمیسیون اصل نود باید مد نظر قرار گیرد ، ابتدا دوراندیشی های حقوقی لازم صورت گرفته تا تداخل صلاحیت با دیگر نهادهای نظارتی پیش نیاید چرا که تبدیل به موازی کاری نهادهای عمومی گوناگون می‌گردد که خود تالی فاسد های بسیاری را در پی خواهد آورد.

مبحث سوم: کلیات مفهومی و اقسام فساد