تعداد مکان­های ژنی
حامل موتاسیون

تعداد موتاسیون هموزیگوس
در منطقه کد کننده ژن

تعداد کل بازهای تجزیه
شده در ۹۶ ژنوتیپ

۲۲۵ باز

۶۹ مکان

۷ موتانت

۶۰۱۵۳ باز

۳-۹-۴-۲ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4
نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1-4 در شکل ۳- ۲۸ آمده است. آنالیز توالی نوکلئوتیدی این قطعه با نرم افزار نشان داد که این قطعه فاقد محل مناسب برای برش آنزیم­ های برشی می­باشد.

شکل ۳- ۲۸ نقشه هضم آنزیمی قطعه تکثیری پرایمر HKT1- 4
۳-۱۰ آنالیز ژن CBL4 بر اساس قطعات تکثیری پرایمرهای این ژن
قطعه کامل توالی بیان شده ژن CBL4 توسط چهار پرایمر (CBL4-1, CBL4-2, CBL4-3 & CBL4-4)، که مشخصات آن­ها در فصل مواد و روش­ها ذکر گردید، تکثیر شده­ است. لذا ضمن آنالیز قطعه کامل بیان شده این ژن که در بخش فوق نتایج آن ارائه گردید، قطعات تکثیر شده توسط هر پرایمر در ۹۶ ژنوتیپ آزمایشی نیز مورد بررسی و آنالیز قرار گرفته است. نتایج این آنالیز در زیر آورده شده است.
۳-۱۰-۱ آنالیز قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
قطعه ژنومی تکثیر شده توسط پرایمر CBL4-1 به طول bp 560 بوده و توالی نوکلئوتیدی این قطعه در کلیه ژنوتیپ­های آزمایشی پس از مقایسه و آنالیز با نرم افزار CodonCode Aligner به سه کانتیگ تقسیم شده است. برای این که دو یا چند توالی در یک کانتیگ مشترک قرار گیرند باید در محل هم پوشانی یکدیگر دارای حداقل ۲۰ باز مشترک باشند. قطعات تکثیری پرایمر CBL4-1 در ژنوتیپ­های مورد مطالعه دارای تنوع نوکلئوتیدی بالایی بوده و به این دلیل در سه کانتیگ گذوهبندی شده ­اند. شکل ۳- ۲۹ توالی نوکلئوتیدی این قطعه را نشان می­دهد.
۱GCGTCGGAGCCTGATGGATGGGTGGTTGTGTTTCTGTTAGCGTCAACGCCTGTAGAGTGC
۶۱GGAGCTTATTCTCTCGCCGGCGCGGCGTGCTCGATCGGCTTAGCTTCCGCCGGAGCCGGA
۱۲۱CAAGCAGGCAGCGGATGGGCTGCGTGTCGTCGTCGCCGGGGCGGTCCAGGCGCGCGCCGG
۱۸۱GGTACGAGGACCCGGCCGTCCTCGCCTCCCAGACCTCCTGTACGTCTCGTCAATCCATAC
۲۴۱CACTCCTTGATTTCCTCTCTGCTACCTCAACTGAATGGAAGCTCGTGTTGCATTGCGTGC
۳۰۱GCGTGGTTGCAGTCACGGTGAACGAGGTCGAGGCGCTCTACGAGCTCTACAAGAAGCTCA
۳۶۱GCTACTCCATCTTCAAAGACGGCCTCATCCACAAGGTAGCCTCCACGACCGCCATGGATC
۴۲۱CATGCATCTTCAAAGACTGCGCCCCTCAACTCATCTCATCTCATCTGTGTGGTTGGTTCG
۴۸۱TCCCCAGGAGGAGTTCCAGCTCGCTTTGTTCAGGACCAGCAAAGGGCCGAGCCTGTTCGC
۵۴۱ CGACAGGGTGTTCGACCTCT
شکل ۳- ۲۹ توالی نوکلئوتیدی قطعه تکثیری پرایمر CBL4- 1
۳-۱۰-۱-۱ موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1
نتایج جستجوی موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در آنالیز توالی نوکلئوتیدی کانتیگ­های قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1 در ۹۶ ژنوتیپ مورد بررسی در جدول ۳- ۲۷ آمده است. این موتاسیون­ها از طریق مقایسه توالی بازی ژنوتیپ­های آزمایشی با یکدیگر و با شاهد به کمک نرم افزار CodonCode Aligner به دست آمده­اند. نتایج این آنالیز نشان داد که از میان سه کانتیگ موجود در قطعه تکثیری این پرایمر، صرفاً کانتیگ اول در ژنوتیپ­های شماره ۶، ۲ و ۷ حامل موتاسیون­های اضافه شدن نوکلئوتید، حذف نوکلئوتید و تکرار نوکلئوتید بوده است.
جدول ۳- ۲۷ تعداد و انواع موتاسیون­های حذف و اضافه نوکلئوتیدی در کانتیگ ­های قطعه تکثیری پرایمر CBL4-1

نوع موتاسیون
حذف و اضافه

شماره کانتیگ

تعدادژنوتیپ­های حامل موتاسیون

اضافه شدن نوکلئوتید

اول

۶