تعیین و بکارگیری اهمیت در جریان حسابرسی در ۵ مرحله مرتبط با یکدیگر و به شرح زیر صورت می گیرد: (دستورالعمل حسابرسی، ۱۳۸۵)

مرحله یک
تعیین حدود آزمونها
مرحله دو (مرحله برنامه ریزی)
مرحله سه
مرحله چهار ارزیابی نتایج رسیدگی
مرحله پنج
برآورد اهمیت یکی از مهمترین تصمیماتی است که حسابرس بر مبنای قضاوت حرفه ای خود اتخاذ می کند. اهمیت رابطه معکوس با خطر حسابرسی و حدود آزمونها (حجم شواهد حسابرسی ) دارد و بنابراین عاملی تعیین کننده در تهیه بودجه حسابرسی است. مبلغ اهمیت بر اساس متوسط جمع داراییها و فروش/ درآمد و بر اساس سطح اهمیت محاسبه می شود.

در صورت وجود اقلام پایاپای شده در ترازنامه یا درآمدهای عمده دیگری در صورت سود و زیان، آن اقلام باید به جمع داراییها و فروش (یا درآمد اصلی واحد مورد رسیدگی) افزوده و بر این پایه اهمیت برآورد می شود.
تخصیص اهمیت به مانده حسابهای مندرج در ترازنامه و حسابهای اصلی سود و زیان با هدف تعیین اشتباه قابل تحمل در هر یک از حسابهای مزبور انجام می شود. اشتباه قابل قبول یکی از اجزای تشکیل دهنده فرمول مربوط به تعیین تعداد نمونه برای اجرای آزمونهای محتواست. تخصیص اهمیت به مانده حسابها به شرح زیر انجام می شود: (دستورالعمل حسابرسی، ۱۳۸۵)
مجموع اهمیت تخصیص یافته به حسابها (اقلام مندرج در ترازنامه و سود و زیان ) معادل سه برابر مبلغ اهمیت محاسبه شده است. برای مثال، در صورتی که مبلغ اهمیت برآورد شده معادل ۲۰ میلیون ریال باشد، مجموع اهمیت تخصیص یافته به حسابها معادل ۶۰ میلیون ریال خواهد بود.
تخصیص اهمیت به میزان سه برابر مبلغ اهمیت، در شرایط عادی صورت می پذیرد. در موارد خاصی که حسابهای اصلی و عمده( از قبیل بدهکاران تجاری، موجودی مواد و کالا، بستانکاران تجاری، فروش و خرید که معمولاً مشمول نمونه گیری قرار می گیرد ) مبلغ قابل ملاحظه ای را تشکیل ندهد یا به دلایلی حسابرس تصمیم بگیرد آنها را صد در صد رسیدگی کند، به تشخیص حسابرس، اهمیت تخصیص یافته به میزانی کمتر از سه برابر اهمیت کاهش خواهد یافت.
تخصیص مبلغ اهمیت در دو مرحله و با توجه به عوامل زیر انجام می شود:
در مرحله اول، اهمیت قابل تخصیص به مانده حسابها تنها بر اساس اندازه نسبی مانده هر حساب، تسهیم و اختصاص داده می شود.
در مرحله دوم، مبلغ تخصیص یافته اولیه به هر مانده با در نظر گرفتن مجموعه عوامل زیر تعدیل می شود:
به حسابهایی که حسابرسی آن مستلزم صرف زمان و هزینه بیشتر است، اهمیت( اشتباه قابل تحمل) بیشتری اختصاص داده می شود و در نتیجه، تعداد نمونه ها کاهش می یابد. مثلاً در شرایطی که حسابرسی حسابهای دریافتنی نسبت به حساب موجودی کالا دشوارتر و در نتیجه پرهزینه تر باشد، مبلغ اهمیت ( اشتباه قابل تحمل) بزرگتری به مانده حسابهای دریافتنی تخصیص داده می شود.
در حسابهایی که انتظار وجود تحریف در آن بیشتر است، اهمیت کمتری تخصیص داده می شود.این امر موجب می شود که تعداد نمونه های انتخاب شده برای آزمونهای محتوا افزایش یابد. انتظار تحریف از عواملی چون کنترلهای داخلی، ماهیت حساب و تحریفهای کشف شده در سال قبل تأثیر می پذیرد.
تمامی مبلغ اهمیت به یک حساب تخصیص داده نمی شود و حداکثر مبلغ اهمیت تخصیص یافته به هر حساب معادل ۶۰% اهمیت برآوردی در سطح صورتهای مالی در نظر گرفته میشود.
۲-۵-۳-۷)تعیین خطر قابل پذیرش حسابرسی :( AAR )
خطر حسابرسی یعنی احتمال خطر اینکه حسابرس نسبت به صورتهای مالی حاوی اشتباه و یا تحریف بااهمیت، نظر حرفه ای نامناسب اظهارکند. خطر قابل پذیرش حسابرسی میزانی از خطر مزبور است که حسابرس حاضر به پذیرش آن است.
خطر قابل پذیرش حسابرسی رابطه ای معکوس با سطح اطمینان دارد؛ یعنی، هنگامی که حسابرس خطر قابل پذیرش حسابرسی را کاهش می دهد، این امر به معنای تمایل حسابرس به تأمین سطح اطمینان بیشتر نسبت به نبود اشتباه و یا تحریف در صورتهای مالی است. به بیان دیگر، خطر قابل پذیرش حسابرسی و سطح اطمینان مکمل یکدیگرند؛ یعنی، خطر قابل پذیرش حسابرسی به میزان ۵ درصد به منزله سطح اطمینان حسابرسی ۹۵ درصد است.
تعیین خطر قابل پذیرش حسابرسی در مرحله برنامه ریزی، با هدف تدوین رویکرد موثر حسابرسی و تعیین حجم عملیات حسابرسی ( موثر بر بودجه انجام کار ) صورت می پذیرد. در تعیین خطر قابل پذیرش حسابرسی، علاوه بر خطرگریزی حسابرس، عواملی چون موارد زیر باید مورد توجه قرار گیرد: (دستورالعمل حسابرسی، ۱۳۸۵)
گستردگی استفاده کنندگان صورتهای مالی و میزای اتکای آنان بر این صورتها.